Az Erdővédelmi Osztály 1960-as megalakulásával párhuzamosan kialakításra került a mikológiai és rovartani laboratórium, amely az elmúlt 50 év során folyamatosan átalakult modernizálódott. 2004-től az ERTI Mátrafüredi Kísérleti Állomásán működik, mivel a korábban helyileg széttagolt Erdővédelmi Osztály ide koncentrálódott. Az ekkor felújított laboratórium megfelelő technikai hátteret biztosít az erdővédelmi kutatásokhoz. Az Erdővédelemi Osztály alapfeladatai közé tartozik az erdei fák, bokrok betegségeit kiváltó tényezők azonosítása, meghatározása, esetenként a növények gyógyítása. A terepen begyűjtött minták vizsgálata és a kórokozók azonosítása a mikológiai laboratóriumban történik. A laboratórium felszerelése alkalmas a kórokozók kitenyésztésére a különféle beteg növényi részekből, de e mellett lehetőséget teremt a különféle patogének pontos meghatározására, valamint ezek összehasonlító vizsgálatára is.  Az elmúlt évek kutatató munkája eredményeként létrejött, és folyamatosan bővülő törzstenyészetek, lehetőséget adnak a kórokozók későbbi vizsgálatára, kutatására. Szerte a világban így Európában és Magyarországon is meredeken növekszik az idegenhonos invázív kórokozók és kártevők száma, amit egyértelműen alátámasztanak a hazai erdővédelmi kutatások eredményei is. Az Osztály kutatói számos új, korábban hazánkban ismeretlen, erdészeti szempontból jelentős károsítót és kórokozót azonosítottak, amelyhez elengedhetetlenül szükséges a mai követelményeknek megfelelően kialakított kórtani és a rovartani laboratórium. Ehhez a munkához nyújtanak segítséget a kiterjedt nemzetközi kapcsolatok, amelynek eredményeként számos nemzetközi kutatási programban is aktívan közreműködünk.