Az erdővel és erdőgazdálkodással kapcsolatos kutatási tevékenység rendkívül összetett, nagyon sok részterületet ölel fel az alapkutatástól az alkalmazott kutatásig, ezeken belül is a biológiai tudományoktól a műszaki technológiáig és az ökonómiai értékelésig. A szerteágazó tevékenységet az intézet kutatói osztályhoz kötődő struktúrában végzik. Az osztályok száma, elnevezése és tevékenysége időről időre változik, mindig az aktuális stratégiai kutatási irányokhoz kapcsolódóan. Számos olyan nagy pályázat működött az elmúlt években, ahol a kutatási munka csak több osztály összehangolt együttműködésével valósulhatott meg. Jelenlegi tudományos osztályaink a következők: